включаем pam_limits в suexec под debian

apt-get install lsb-release
apt-get install debhelper
apt-get install libaprutil1-dev
apt-get install sharutils

apt-get source apache2-suexec

cd apache2-2.2.9/
wget http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?msg=27;filename=suexec-203_suexec-pam.dpatch;att=1;bug=268569 -o suexec-203_suexec-pam.dpatch

patch -p1 < suexec-203_suexec-pam.dpatch

vi support/suexec.c

добавляем в начало
#define SUEXEC_PAM_SESSION 1

vi support/Makefile.in
и меняем
$(LINK) $(suexec_OBJECTS)
на
$(LINK) -lpam $(suexec_OBJECTS)
и
$(LINK) $(suexec-custom_OBJECTS)
на
$(LINK) -lpam $(suexec-custom_OBJECTS)

fakeroot debian/rules binary

cd ../
dpkg -i apache2-suexec_2.2.9-10+lenny6_amd64.deb

vi /etc/pam.d/suexec

вписываем
@include common-session
session required pam_limits.so

правим права в
/etc/security/limits.conf

/etc/init.d/apache2 restart

Теперь все cgi и fcgi процессы лимитируются через limits.conf